Gächter war am 3. Februar 1987 von Papst Johannes Paul II. auf Vorschlag von Bischof Otto Wüst zum Weihbischof des Bistums Basel ernannt worden. In dieser Funktion diente er vier Diözesanbischöfen und vier Generalvikaren.

Martin Gächter war im Bistum Basel seit 1987 verantwortlich für die Orden und Gemeinschaften. Zwischen 1987 und 2000 war er auch für die Jugend zuständig. Danach fielen die anderssprachige Seelsorge und der Befreiungsdienst in seinen Zuständigkeitsbereich.

Ab dem 6. Januar wird der 75-Jährige Heimseelsorger bei den Ingenbohler-Schwestern im Elisabethenheim Bleichenberg bei Biberist.